Homeopatija je empirični sistem zdravljenja. To pomeni, da je homeopatsko zdravilo preizkušeno v praksi in da preverjeno deluje. 

Kaj se zgodi v telesu po njegovem zaužitju, zaenkrat ne vemo natančno. Vidimo pa spremembe, ki se pojavijo in ki kažejo, da zdravilo deluje celostno - na telesno in duševno raven. Homeopatska zdravila delujejo homeostatsko na ves organizem. Homeostaza je stanje reda, ravnotežja v telesu. Delujejo torej tam, kjer je motnja in kjer se zato tudi največ dogaja. Glede na odziv organizma, ko se ravnotežje vzpostavlja na več področjih hkrati, vemo, da so vsi organi in organski sistemi ter duševni procesi povezani v neločljivo celoto. Dvestoletna klinična praksa potrjuje, da eno homeopatsko zdravilo zdravi eno ali več bolezni hkrati. 

Homeopatiji bi lahko rekli tudi informacijska medicina, saj za uspeh zdravljenja ni tako pomembna količina zdravila, temveč le zdravilo s pravo informacijo, ki spodbudi organizem, da sam opravi vse drugo za vzpostavitev ravnotežja.

Začetek homeopatskega zdravljenja je podoben pospravljanju razmetane hiše. Ko se lotimo temeljitega čiščenja pritličja, moramo najprej vse odnesti v klet. Med urejanjem pritličja vlada zato v kleti začasno še večji nered, kot je bil pred začetkom pospravljanja. Ko je pritličje urejeno, se lotimo kleti, iz katere odstranimo ves nepotreben balast. 

Tudi ob začetku homeopatskega zdravljenja se lahko stanje najprej poslabša (t. i. prvo poslabšanje). Organizem je namreč v obliki zdravila prejel informacijo in začelo se je popravljanje porušenega reda in vzpostavljanje ravnovesja (homeostaze) v njem. Potek tega "pospravljanja" nereda v telesu oz. ponovnega vzpostavljanja ravnotežja, ki se je porušilo zaradi različnih dejavnikov/načina življenja (stres, premalo spanja, nepravilna prehrana, telesna nedejavnost, alkohol, kajenje, poživila, slabi medosebni odnosi, prehiter življenjski tempo …), je opisal nemški zdravnik, eden najboljših Hahnemannovih študentov in oče homeopatije v ZDA, kjer je pozneje živel, dr. Constantin Hering (1800-1880). Po Heringovih pravilih poteka pravilno zdravljenje od znotraj navzven - to pomeni od bolj pomembnih organov k manj pomembnim (prvo pravilo), od zgoraj navzdol (drugo pravilo), ter da se simptomi vračajo v obratnem vrstnem redu, kot so se pojavili (tretje pravilo). Na podlagi teh pravil zdravnik homeopat tudi ve, kdaj je dinamika zdravljenja prava. Če ni, se mora pravilno odzvati in skušati preusmeriti dogajanje v pravo smer.